Splatoon 3 ima režim priče koji se prilično razlikuje od svojih prethodnika. Počevši u The Crater, igrači počinju da istražuju nestanak velike zep ribe, za koju Cuttlefish vjeruje da su je kidnapovali Oktarijanci. Poslije sukoba sa DJ Oktaviom, igrači otkrivaju da Oktarijanci nijesu stajali iza nestanka velike zap ribe. Umjesto toga, postoji potpuno nova prijetnja sa kojom se treba boriti uključivanjem potpuno novog područja svijeta.
Cuttlefish završava na kraju otmice, a igrač mora da je spase, kao i da istraži nestanak velike zap ribe u ovoj čudnoj novoj zemlji.
U Splatoonu 3, glavna priča se odvija u Alterni, oblasti ispod kratera koja je bila nepoznata ni nagovještajima ni Oktarijancimama. Igra je prilično drugačija, jer igrači biraju kako žele da se pozabave misijama i kojim redoslijedom. Nivoi u Splatoon-u 3 se takođe mogu u potpunosti preskočiti zbog novog načina na koji igrači dolaze do drugih oblasti i ostrva.
Na svim mapama postoje mrlje mulja koje blokiraju puteve do novih kotlića koji moraju biti očišćeni. Da bi se ispraznio mulj, sitna riba mora da se baci na mjehur koji se nalazi negdje na užasnoj masi. Koristeći brze manevre, igrači mogu da zaobiđu dio ovih blokada na putu. Svaki mutni ispust ima određenu količinu moćnih jaja za prikupljanje da bi se otvorio put do sljedećeg nivoa. Jaja se sakupljaju u nivoima tako što se pobjeđuju neprijatelji ili razbijaju otvoreni sanduci. Dodatna jaja se mogu naći oko svakog ostrva u sanducima ili izvođenjem izazovnih balona razbacanih po zemlji.
Svaki nivo ima svoj tematski izazov, od skakanja do testiranja oružja, pa čak i manipulacije nivoom. Igrači će koristiti svaku veštinu u svojoj kutiji sa alatkama da bi vidjeli završne kredite za Splatoon 3. Igranje kroz ovaj režim ima svoje prednosti i preporučuje se početnicima u Splatoon-u. Većinu vremena nivoi će varirati u zavisnosti od nivoa vještine igrača. Nekima će biti potrebno samo jedan minut, dok drugima može biti potrebno između 5 i 10 minuta da dođu do cilja. Međutim, ne mora se igrati svaki nivo. Jednom kada se prikupi dovoljno jaja za otvaranje sljedeće oblasti, igrači mogu da odluče da preskoče nedovršene nivoe i napreduju do sljedećeg ostrva, čak i boss-ovi mogu biti potpuno propušteni tako što će očistiti pravi mulj.
Isprobavanje svake faze je odličan način da testirate različite vrste oružja prije nego što krenete online. Podjeljena na 6 ostrva, Alterna je jedno veliko igralište za istraživanje, na sreću dostupno je brzo putovanje što čini kretanje do drugih ostrva mnogo prijatnijim.
Teško je kvantifikovati prosječni završetak, jer će svaki igrač napredovati različitom brzinom. Pored toga, ne mora svaki nivo biti završen da bi se sreo sa konačnim boss-om. Dakle, imajući ovo na umu, u tipičnom igranju koje uključuje svaku fazu na svakom ostrvu i pokušaj pronalaženja većine kolekcionarskih predmeta, trebalo bi da traje oko 10 sati. Prolazak koji ne uključuje igranje na svim nivoima i ignoriše kolekcionarske predmete biće znatno kraći od ovoga.
Oko granice od 8 sati, igrači će vidjeti da se ispisuju imena na credits listi ako guraju do kraja bez prikupljanja.
Po završetku, igrači su nagrađeni nekim posebnim značkama, kao i nekom posebnom opremom za opremanje svog lika u igri.
